Major Sheppard (Joe Flanigan) konnte der feindlichen Übernahme von Atlantis durch die Genii gerade noch entkommen. Dagegen sind Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) und Dr. McKay (David Hewlett) in der Hand von Kommandant Kolya (Robert Davi). Bisher sind die beiden Mitglieder der Stargate-Crew nur noch am Leben, weil Kolya auf deren Hilfe bei der Aktivierung des Schutzschildes zur Verteidigung der Stadt gegen den Sturm angewiesen ist. Unterdessen versuchen Dr. Beckett (Paul McGillion), Lieutenant Ford (Rainbow Sun Francks) und Teyla (Rachel Luttrell) das Auge des Tornados zu erreichen.