Der Film begibt sich auf eine spannende Reise zu den Seen der Alpen und des nördlichen Alpenvorlandes - und taucht immer wieder ein in geheimnisvolle Unterwasserwelten: vom Frillensee, dem kältesten Badesee Deutschlands im östlichen Oberbayern, bis zum gewaltigen Bodensee mit seinen unergründeten Tiefen. Froschmänner mit Unterwasserkameras und eine neuartige Unterwasserdrohne haben auf zahlreichen Tauchgängen in heimischen Seen einzigartige Bilder eingefangen - von verborgenen Tierwelten bis hin zu überraschenden Zeugnissen menschlicher Zivilisation. Vieles davon wurde so noch nie in einem Film gezeigt. Die Dokumentation stellt an fast allen besuchten Seen auch den jeweils tiefsten Punkt vor - mancher liegt in mehr als 250 Metern Tiefe. Der Film erzählt, wie die vorgestellten Seen entstanden sind, und setzt die Gewässer in Beziehung zu den Landschaften, in denen sie eingebettet liegen. Vor allem aber stehen die geologischen und zoologischen Besonderheiten der einzelnen Seen im Mittelpunkt - vorgestellt in abgeschlossenen Geschichten: die wundersamen Krebse in einem See, der manchmal verschwindet. Oder die Schwefelfresser, die manchem See über Nacht ein purpurfarbenes Kleid verleihen. Dazu Hochzeit und Kinderstube von mächtigen Hechten, quietschbunten Stichlingen - und der geheimnisvollen Quappe, einem Dorschfisch, der seit der Eiszeit in unseren tiefen und sauberen Seen lebt.